Para asegurar la lealtad del reino de Navarra y la defensa de la ciudad, Felipe II mandó construir una fortaleza “a la moderna”: la Ciudadela. Uno de sus mejores ingenieros, el italiano Giacomo Palearo, (El Fratín), llevó a cabo el proyecto. En 1571, el virrey Vespasiano Gonzaga ponía la primera piedra: la nueva artillería jugaba un papel fundamental y la ingeniería militar no podía quedarse atrás.
Su traza original, un pentágono con un baluarte en cada punta, se mantuvo a lo largo de los años, si bien se introdujeron continuadas mejoras: nuevos revellines, contraguardias,fosos,..
